Бюджет Реєстру формується за рахунок внесків його Учасників та Асоційованих членів. Інвестиційні витрати, пов'язані із запуском Реєстру, розробкою та створенням його ключових систем і засобів, покриваються за рахунок добровільних внесків Нідерландів та Європейського Союзу.