Реєстр збитків діє на підставі Статуту, затвердженого Резолюцією CM/Res(2023)3 Про встановлення Розширеної часткової угоди про Реєстр збитків, завданих агресією Російської Федерації проти України.
Керівними органами Реєстру збитків є Конференція Учасників, Рада та Секретаріат, роботу якого очолює Виконавчий Директор.
Конференція Учасників (Конференція) – є вищим керівним органом Реєстру, де представлені всі Учасники та Асоційований член Реєстру. Вона несе загальну відповідальність за реалізацію мандату Реєстру, в тому числі – за заповнення ключових посад у Реєстрі шляхом призначення членів Ради та визначення Виконавчого Директора, та затвердження правил і положень Реєстру.
Рада Реєстру - несе загальну відповідальність за реалізацію функцій Реєстру, розробляє правила і положення, що регулюють роботу Реєстру, і впроваджує їх після схвалення Конференцією. Рада також має вищі повноваження у визначенні прийнятності заяв для внесення їх до Реєстру.
Члени Ради Реєстру збитків: пан Роберт Спано (голова), пані К’яра Джорджетті (заступник голови), пан Вейо Хейсканен, пані Юлія Кирпа, пані Олександра Менжиковська, пані Люсі Рід, пан Норберт Вюлер, є незалежними, працюють в особистій якості і не є представниками жодного Учасника або Асоційованого члена.
Виконавчий директор Реєстру – здійснює організацію прийому заяв, їх обробку та передачу Раді для прийняття рішень разом з рекомендаціями, а також здійснює координацію з національними та міжнародними органами, включаючи Уряд України, з різних питань, пов'язаних з роботою Реєстру. Він також відповідає за нагляд та адміністрування роботи Секретаріату Реєстру, а разом з Секретаріатом – за підтримку роботи Ради та Конференції.
Штаб-квартира Реєстру знаходиться в м. Гаага, Королівство Нідерланди. Також, відкрито допоміжний офіс Реєстру в м. Київ, завданням якого є підтримка зв'язків з Урядом України та сприяння інформаційно-просвітницькій роботі з потенційними заявниками та широкою громадськістю в Україні.