Основним завданням Департаменту внутрішнього аудиту є надання об’єктивних і незалежних висновків, рекомендацій щодо функціонування системи внутрішнього контролю та її удосконалення; удосконалення системи управління; запобігання фактам незаконного, неефективного та нерезультативного використання бюджетних коштів; запобігання виникнення помилок чи інших недоліків у діяльності апарату Міністерства юстиції України, територіальних органів, державних підприємств, підвідомчих установ та органів юстиції, що належать до сфери управління Міністерства юстиції України.
Діяльність Департаменту внутрішнього аудиту спрямована на надання оцінки діяльності об'єкта внутрішнього аудиту щодо:
Департаментом внутрішнього аудиту розроблена система оцінки ризиків, яка дозволяє виявляти найбільш ризикові сфери діяльності територіальних органів юстиції, підприємств, установ та організацій, що належать до сфери управління Міністерства юстиції України.
Також Департаментом внутрішнього аудиту здійснюється моніторинг впровадження аудиторських рекомендацій, наданих за результатами проведеного внутрішнього аудиту, що передбачає контроль за впровадженням відповідних заходів з усунення виявлених під час аудиту порушень та недоліків.
Департамент внутрішнього аудиту в роботі зосереджується на вивченні причин виникнення порушень, їх наслідків, можливості виявлення та попередження недоліків в майбутньому.